1999年,藤原纪香初次做第一主角出演校园剧《naomi》。之后她又在电视剧《麻辣教师Ⅱ:直海老师》中出演一个火爆却不失情感的热血女教师藤堂直海,同年又与丰川悦司合作日剧《危险关系》。
2000年初,藤原纪香与反町隆史联手出演《gto电影版》,在剧饰演一个美丽的新闻记者喜多岛薰。6月,藤原纪香受擅长拍摄动作片的导演唐季礼之邀,与香港明星郭富城主演电影《雷霆战警》,片中藤原纪香扮演国际刑警,郭富城饰演中国保安调查员。